Leroy Jethro Gibbs est le chef de l'équipe du NCIS. Il a sous ses ordres différents agents spéciaux qui parcourent le globe afin d'enquêter sur des crimes qui impliquent des membres des Forces navales américaines ou du corps des Marines. L'équipe du NCIS alterne entre interrogatoires et recherches scientifiques. Les enquêtes ne manquent pas : il y a autant de meurtres mystérieux impliquant des membres de l'armée que de situations étranges à résoudre. Cette saison s’annonce riche en rebondissements. Une enquête replonge Gibbs dans ses débuts au NCIS. Il aide aussi son ami Fornell à retrouver le trafiquant qui a fourni les opioïdes de contrebande à la fille de ce dernier. L’équipe doit de plus enquêter sur la disparition d’un cadavre qui se trouvait dans la salle d’autopsie du NCIS. De leurs côtés, McGee et sa femme voient leurs vacances aux Bahamas perturbées quand celles-ci deviennent une mission à haut risque.