MacGyver se donne pour mission de sauver le monde, armé jusqu’aux dents de son ingéniosité et d’à peine plus que de la gomme à mâcher et d’un trombone… Résoudre des problèmes de façon non conventionnelle, c’est sa marque de commerce! Dans cette troisième saison, trois mois se sont écoulés depuis le départ de MacGyver, qui réside désormais au Nigeria. Apprenant que Jack est la cible d’un dictateur meurtrier, MacGyver n’hésite pas à retrouver son ancienne équipe d’experts. De plus, même s’il a mis de côté ses différends avec son père, MacGyver n’arrive pas à décider s’il veut le laisser revenir dans sa vie. Pendant ce temps, Matty révèle un secret qui prend tout le monde par surprise, puis le chef d’une organisation criminelle internationale lui fait une offre qu’elle ne peut pas refuser.